Основной целью деятельности Центра является проведение комплексных фундаментальных, поисковых и прикладных научных исследований, направленных на создание конкурентоспособных научно-технологических основ обеспечения государственных интересов, сбалансированного социально-экономического развития и повышения качества жизни населения, сохранения окружающей природной среды, биологического и генетического разнообразия в Арктической зоне Российской Федерации.